Cho đến đầu thế kỷ 19, tức là cho đến khi lãnh địa của hầu tước-tổng Giám mục chấm dứt, Salzburg không có sự chia cắt giữa nhà thờ và nhà nước nên thành phố mang ảnh hưởng nhà thờ Công giáo rất lớn. Các khó khăn của cộng đồng Tin Lành, cộng đồng người Do Thái và đặc biệt là việc trục xuất người theo đạo Tin lành là những minh chứng cho việc này. Cho đến ngày nay các tháp nhà thờ vẫn thống trị quang cảnh của thành phố mà đã từng được gọi là Roma phía bắc. Nếu như thế kỷ 18 và đặc biệt là thế kỷ 19 đã mang lại những khả năng đầu tiên cho cuộc sống của các cộng đồng tôn giáo phi Công giáo thì trong nửa sau của thế kỷ 20, chủ yếu vì chiến tranh, trục xuất và hội nhập mà Salzburg đã đa dạng nhiều hơn về mặt tôn giáo.

Người theo đạo Công giáo chiếm 55,6% dân số vẫn là cộng đồng tôn giáo lớn nhất trong Salzburg, vượt xa các cộng đồng tôn giáo còn lại; 6,7% người dân theo đạo Tin Lành. Cộng đồng Chính Thống giáo Đông phương chiếm 5,3% dân số. Người theo đạo Hồi với 6,8% dân số là cộng đồng tôn giáo phi Thiên Chúa giáo lớn nhất. Cộng đồng văn hóa Israel chiếm 0,06% dân số thành phố, các cộng đồng tôn giáo phi Thiên Chúa giáo khác như Phật giáo chiếm 0,06% dân số.

Bên cạnh khoảng 10 nơi cầu nguyện của những người Hồi giáo còn có một nhà thờ Do Thái và một trung tâm Phật giáo cũng như là một nhà thờ Ấn Độ giáo.

Khoảng 17,1% người dân Salzburg không theo đạo giáo và theo thống kê dân số thì không rõ tôn giáo của 6,5% người dân.